令和4年9月23日の西九州新幹線開業後の長崎本線（江北～諫早間）の取扱いは、以下のとおりとなっています。
江北～諫早間の運行について
JR九州は、江北～諫早間を上下分離方式により、西九州新幹線開業後から23年間運行します。
また、運賃については、JR九州の料金が適用されます。
なお、23年経過後の運行については、改めて、佐賀県、長崎県、JR九州の三者で話し合います。
開業後の運行本数について
博多～肥前鹿島間の特急列車については、JR九州が開業から3年間は上下合わせて14本程度、その後は上下合わせて10本程度運行します。
また、普通列車については、これまでどおりの本数を運行します。
鉄道施設の維持管理について
江北～諫早間の線路や駅舎などの鉄道施設は、JR九州から佐賀県と長崎県に無償で譲渡され、その維持管理については、佐賀県と長崎県が共同で設立した一般社団法人佐賀・長崎鉄道管理センターが行っています。
なお、江北～諫早間の鉄道施設の維持管理経費については、原則、佐賀県と長崎県が1：2の割合で負担します。